Les plugins sont des scripts, qui sont de petits programmes s'exécutant dans Graph et interagissent avec lui. Un plugin bénéficie des mêmes droit que le programme dans lequel il s'exécute. Cela signifie que si vous exécuter Graph avec les droits d'administrateur il est possible à un plugin écrit pour ceci d'effacer la totalité du disuqe dur. En conséquence vous devriez être très attentif aux plugins utilisés et n'installer que des plugins provenant d'une source fiable, ou au moins vous devriez contrôler le code source à la recherche de portions de code douteuses.